斑秃的具体病因尚不完全清楚，可能涉及遗传因素、自身免疫、感染或精神应激等各个方面。
目前比较多的专家学者认为斑秃属于一种自身免疫性疾病，是由炎症细胞介导的、器官特异性的疾病，与免疫系统的失调有关。斑秃与许多自身免疫性疾病或免疫紊乱有关，如甲状腺疾病、恶性贫血、银屑病、白癜风等。
▲惊叹号发，下部毛囊色素脱失
应用皮质类固醇激素可使脱发过程逆转，部分并发自身组织抗体的病例，治疗后抗体消失。大量证据表明，在斑秃的发病机制中，细胞介导的免疫过程发挥关键作用，病变区域真皮乳头上部的基质细胞损伤或HLA中的某一抗原系刺激了自身免疫过程，打破了正常的毛囊动力学，使毛囊过早进入休止期，从而不能产生正常的毛发。
另外，精神因素也与斑秃的发病有关，比如考试所带来的精神紧张、抑郁等导致的精神的大起大落，还有家庭环境也可以影响疾病的发生和发展。高级神经中枢的功能障碍，引起皮质下中枢及自主神经功能失调，使毛乳头血管痉挛，毛发营养障碍而导致脱发。